Học bổng nghiên cứu của Quỹ Quốc tế Matsumae (MIF), các lĩnh vực ưu tiên: y học, khoa học tự nhiên và khoa học kỹ thuật, thời gian: 3 tới 6 tháng, bao gồm installation allowance, bảo hiểm trong thời gian học và vé máy bay khứ hồi.
http://www.matsumae-if.org/

Học bổng thực tập của Hội trao đổi sinh viên về kinh nghiệm Kỹ thuật Quốc tế (IAESTE), thông qua chương trình thực tập tại Nhật bản về lĩnh vực khoa học, kỹ thuật hoặc kiến trúc, thời gian: từ 2 tới 12 tháng.
http://www.iaeste.org/

Học bổng của Quỹ Học bổng Quốc tế Tonen, dành cho sinh viên nước ngoài tới Nhật Bản để theo học tự túc chương trình Thạc sỹ hoặc Tiến sỹ tại một trường đại học khu vực Kanto (năm đầu), thời gian: hai năm cho chương trình Thạc sỹ, ba năm cho chương trình Tiến sỹ.
http://www.tonen-zaidan.or.jp/eindex.html

Học bổng NJG của Hiệp hội Phụ nữ cao đẳng Nhật Bản (CWAJ), dành cho các những bạn gái muốn đăng ký theo học tại trường đại học, thời gian: một năm học.
http://www.cwaj.org

Giải thưởng Nghiên cứu Novartis trao bởi Quỹ Novartis (Nhật Bản) cho xúc tiến Khoa học, lĩnh vực sinh học, khoa học đời sống và hóa học, thời gian: một năm.
http://novartisfound.or.jp/eng/index-e.html

Học bổng học tập hoặc nghiên cứu của Quỹ Quốc tế Mizuho cho khoa học xã hội, nhân văn và văn hóa, thời gian: 2 năm.
Học bổng của Tổ chức dịch vụ sinh viên Nhật bản (JASSO) dành cho sinh viên theo học tại một trường đại học Nhật Bản qua chương trình trao đổi sinh viên hoặc tự túc.
Tổ chức cũng đưa ra một danh sách các học bổng của chính phủ Nhật Bản, chính quyền địa phương và các tổ chức quốc tế, các quỹ tư nhân.
http://www.jasso.go.jp/study_j/scholarships_e.html

Học bổng của Hiệp hội Xúc tiến Khoa học Nhật Bản (JSPS):
* “Chương trình hè”, bao gồm một vé máy bay khứ hồi và bảo hiểm trong thời gian diễn ra chương trình, thời gian: 2 tháng trong khoảng thời gian giữa tháng Sáu và tháng Tám.
* “Học bổng nghiên cứu sinh sau Tiến sỹ”: chương trình dành cho sinh viên theo học bằng Tiến sỹ năm thứ hai và thứ ba, thời gian: từ 1 tới 12 tháng và chương trình dành cho sinh viên đã học xong Tiến sỹ, thời gian: từ 12 tới 24 tháng. Cả hai chương trình bao gồm một vé máy bay khứ hồi và bảo hiểm trong suốt thời gian học bổng.
* “Chương trình mời thực tập nghiên cứu tại Nhật Bản”, dành cho mọi lĩnh vực nghiên cứu, 2 chương trình: ngắn ngày (14 tới 60 ngày) và dài ngày (2 tới 10 tháng).
http://jsps.unistra.fr/ và http://www.jsps.go.jp/english/ 

Giải thưởng Nghiên cứu từ Quỹ Công nghệ sinh học Toyobo cho các nhà khoa học trẻ trong nghiên cứu cơ bản hoặc nghiên cứu ứng dụng trong lĩnh vực công nghệ sinh học như một phần của viện nghiên cứu tại Nhật Bản, thời gian nghiên cứu một năm.
http://www.toyobo.co.jp/biofund/boshu/long_e.htm

Học bổng và nghiên cứu của Quỹ quay vòng tưởng niệm Yoneyama:
* “Học bổng đại học” dành cho sinh viên năm đầu và năm thứ hai nhập học vào một trường đại học về công nghệ, sinh viên năm ba và năm tư đang theo học đại học, sinh viên năm thứ năm hoặc năm thứ sáu đang theo học các lĩnh vực: y học, nha khoa và thú y. Thời gian: một hoặc hai năm.
* “Học bổng chạy đua Thạc sỹ (YM)” dành cho sinh viên năm nhất và năm hai chương trình Thạc sỹ. Thời gian: hai năm cho sinh viên năm nhất và một năm cho sinh viên năm hai.
* “Học bổng chương trình Tiến sỹ (YD)” dành cho các sinh viên theo học chương trình tiến sỹ. Thời gian: một hoặc hai năm.
* “Học bổng hỗ trợ của Quận” cho sinh viên năm thứ tư hoặc thứ năm theo học lĩnh vực công nghệ, thời gian: 1 năm.
* “Học bổng hỗ trợ của câu lạc bộ” dành cho sinh viên theo học chương trình Cử nhân năm cuối mong muốn theo học Thạc sỹ tại cùng trường đại học, sinh viên chương trình Thạc sỹ năm cuối mong muốn theo học Tiến sỹ tại cùng trường đại học và sinh viên theo học Tiến sỹ năm cuối. Thời gian: 1 năm.
http://www.rotary-yoneyama.or.jp/english/index.html

Học bổng của Quỹ Truyền thông Quốc tế (ICF), dành cho sinh viên đăng ký học Thạc sỹ hoặc Tiến sỹ, đang thực hiện nghiên cứu liên quan tới công nghệ thông tin hoặc viễn thông trong lĩnh vực luật, kinh tế, xã hội học, văn hóa và công nghệ. Các trường đại học được lựa chọn bởi Quỹ.
Học bổng của Quỹ Trường học Quốc tế Atsumi (AISF), dành cho các sinh viên ghi danh vào trường đại học ở khu vực Kanto và những sinh viên sẽ có bằng Tiến sỹ vào cuối chương trình học bổng. Thời gian: 1 năm. http://www.aisf.or.jp/

Học bổng của Quỹ Quay vòng:
* Học bổng cho chương trình thực tập tiếng, thời gian: ba hoặc sáu tháng, bao gồm vé máy bay khứ hồi, khóa học tiếng và nơi ở.
* Học bổng nhiều năm, thời gian: 24 tháng, dành cho sinh viên muốn có bằng tiếng Nhật.
* Học bổng hàng năm, thời gian: 12 tháng, bao gồm vé máy bay khứ hồi, học phí và chi phí lưu trú.
http://www.rotary.org

Chương trình hỗ trợ nghiên cứu của Quỹ Khoa học Thông tin Quốc tế (IISF), dành cho các nhà khoa học đang có nghiên cứu cơ bản về khoa học máy tính hoặc khoa học thông tin tại trường đại học hoặc viện nghiên cứu, chương trình kéo dài 1 tuần.
http://www.iisf.or.jp/index-en.html